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Berliner und Münchener Tierärztliche Wochenschrift

Molecular epidemiology as an effective tool for the diagnosis and control of PRRSV infections in pig farms, illustrated using five cases

Molekulare Epidemiologie als wirksames Instrument zur Diagnostik und Kontrolle von PRRSV Infektionen in Schweinebeständen, dargestellt anhand von fünf Fallbeispielen

Berliner und Münchener Tierärztliche Wochenschrift 130

DOI: 10.2376/0005-9366-16036

Publiziert: 01/2017

Summary

The porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) has had a great economic impact on pig production in Germany. Repeated outbreaks with severe clinical cases and great economic losses in affected farms are reported. Due to the particularly high mutation rate of the PRRSV, molecular epidemiology plays an essential role in the diagnosis of PRRSV. In this study, 279 PRRSV isolates were initially detected by quantitative reverse transcription PCR, sequenced and then compared within each genotype. Of the isolates investigated, 234 belonged to genotype I and 45 to genotype II. On the basis of a cut-off value of 97% for assessment of homology, 110 genotype I clusters and seven genotype II clusters could be generated. Data from analyses on homology between isolates combined with supportive epidemiological data provided by a questionnaire allowed sources of PRRSV infections in pig farms to be traced. With help of 5 case studies, possible ways of PRRSV transmission into farms are described. There was a high probability that these farms were affected by pathogen transmission by air, semen or transportation vehicles. Pathogen transmission by new gilts could mostly be ruled out in one case and a possible virus circulation within a farm over a period of several years could be shown in another case.

ORF5
cluster
phylogenetic analysis
molecular epidemiology

Zusammenfassung

Das Virus des porzinen reproduktiven und respiratorischen Syndroms (PRRSV) hat in Deutschland eine große wirtschaftliche Bedeutung in der Schweineproduktion. Immer wieder kommt es zu Ausbrüchen mit schweren klinischen Verläufen und somit zu großen finanziellen Verlusten für die betroffenen Betriebe. Auf Grund der besonders hohen Mutationsrate des Virus spielt die molekulare Epidemiologie eine essenzielle Rolle bei der Diagnostik von PRRSV. Im Rahmen dieser Studie wurden 279 PRRSV-Isolate, in denen zunächst mittels einer quantitativen Reversen Transkriptase PCR PRRS-Viren nachgewiesen wurden, sequenziert und innerhalb des jeweiligen Virustyps miteinander verglichen. Von den sequenzierten Isolaten gehörten 234 Isolate dem Genotyp I und 45 Isolate dem Genotyp II an. Bei einem Cut-Off von 97% Übereinstimmung als Voraussetzung für die Clusterbildung ergaben sich beim Genotyp I 110 Cluster und beim Genotyp II sieben Cluster. Durch die zusätzliche Erhebung eines epidemiologischen Fragebogens sowie die Analyse der Homologieverhältnisse der einzelnen Isolate zueinander konnten Rückschlüsse auf die Eintragsquelle der einzelnen PRRSV-Isolate in die einzelnen Betriebe gezogen werden. Anhand von 5 Fallbeispielen konnten diese möglichen unterschiedlichen Eintragsmöglichkeiten von PRRSV in die Betriebe dargestellt werden. So wurde das Virus wahrscheinlich über Luft, Sperma oder Transportfahrzeuge in die jeweiligen Betriebe eingetragen. Des Weiteren konnte ein Erregereintrag über zugekaufte Jungsauen als unwahrscheinlich eingestuft und eine mögliche Viruszirkulation in einem Betrieb über mehrere Jahre dargestellt werden.

ORF5
Cluster
Phylogenetische Analyse
Molekulare Epidemiologie

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