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Ribosomal DNA fragments analysis of avian pathogenic Macrorhabdus ornithogaster

Analyse von ribosomalen DNA-Fragmenten von vogelpathogenen Macrorhabdus ornithogaster

Berliner und Münchener Tierärztliche Wochenschrift 130

DOI: 10.2376/0005-9366-16081

Publiziert: 06/2017

Summary

Macrorhabdus (M.) ornithogaster is a common cause of fungal gastric disease in passerines and psittacines held in captivity as well as in free-range birds with a worldwide distribution. However, despite culturing of M. ornithogaster is standardized since nearly 10 years now, only three nucleotide sequences isolated from two bird species are currently available in GenBank (http://www.ncbi.nlm. nih.gov) referencing ribosomal DNA fragments. Therefore, the aim of this study was to gain knowledge on the occurrence of different genotypes within specific bird species as well as to optimize molecular biological characterization of this common avian pathogenic yeast. Isolates (n = 15) were obtained from nine individuals belonging to five bird species. Samples of the proventricular isthmus as well as isolates gained after culturing of content from proventricular isthmus have been amplified and sequenced. Successful amplification and sequencing of M. ornithogaster-specific small subunit ribosomal DNA (SSU), ITS-1 gene and the first part of the large ribosomal DNA (D1/D2) was possible in almost all isolates and samples. However, use of cultured isolates is preferable in order to avoid or at least to identify contamination. According to the present gene sequence analysis, M. ornithogaster represents genomic variability inside the ribosomal genome. Further phylogenetic studies are needed to clarify the epidemiological impact of this variability.

Saccharomycetales
psittacines
passerines
avian gastric yeast

Zusammenfassung

Macrorhabdus (M.) ornithogaster ist eine häufige Ursache von Mykosen des Drüsenmagens bei Sperlingsvögeln und Papageienvögeln in Gefangenschaft sowie bei freilebenden Vögeln mit einem weltweitem Vorkommen. Obwohl die Kultivierung von M. ornithogaster seit fast 10 Jahren standardisiert ist, sind nur drei Nukleotid-Sequenzen ribosomaler DNA-Fragmente, welche von zwei Vogelarten isoliert wurden, derzeit in GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) als Referenzen vorhanden. Daher war das Ziel dieser Studie Kenntnis über das Auftreten verschiedener Genotypen innerhalb bestimmter Vogelarten zu gewinnen, sowie die molekularbiologische Charakterisierung dieses vogelpathogenen Hefepilzes zu optimieren. Die Isolate (n = 15) wurden aus neun Vögeln, welche zu fünf Vogelarten gehörten, isoliert. Proben aus dem Isthmus des Drüsenmagens sowie Isolate, welche nach Kultivierung des Inhaltes vom Drüsenmagenisthmus gewonnen wurden, wurden amplifiziert und sequenziert. Erfolgreiche Amplifikation und Sequenzierung von M. ornithogaster spezifischer small subunit ribosomal Dann (SSU), des ITS-1-Gens und dem erstem Teil der großen ribosomalen DNA (D1/ D2) konnte in nahezu allen Isolaten und Proben erreicht werden. Die Verwendung von kultivierten Isolaten ist jedoch zu bevorzugen, um Kontaminationen zu verhindern bzw. diese zu identifizieren. Nach der Analyse der vorliegenden Sequenzen, ist festzustellen, dass M. ornithogaster eine genetische Variabilität im ribosomalem Genom aufweist. Weitere phylogenetische Studien sind notwendig, um die epidemiologische Bedeutung dieser Variabilität zu klären.

Saccharomycetales
Psittaciformes
Passeriformes
Avian Gastric Yeast

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